結論: URLの後ろに#L3 (ハイライトしたい行)とかを書く．
ちょっと解説
例えばこんなページがあったとします．
このとき，URLは
https://github.com/takunoko/git_sample/blob/master/sample_sam.c
となっています．
このURLの最後にリンクを貼りたい行数を#Lに続けて記述します．すると
https://github.com/takunoko/git_sample/blob/master/sample_sam.c#L4
こんな感じに指定した行をハイライトすることができます．
ついでに，#L4-6のようにハイフンで繋ぐことで複数行をハイライトすることができます．
https://github.com/takunoko/git_sample/blob/master/sample_sam.c#L4-6
便利〜
でも，GitHubなんで，もとのファイルが更新されて行数が変わってしまうこともあるので注意が必要です．
参考サイト
issuesやwikiで、コミットや特定の行に対するリンクをはる方法 #43 , u1tnk (Github)
Don’t Link that Line Number!, Andrew Yurisich a collection of thingss